§ 7. Нуклеиновые кислоты. Строение и функции ДНК

Строение ДНК. В состав молекулы ДНК входят две полинуклеотидные цепи. Они соединены между собой множеством водородных связей, возникающих между азотистыми основаниями нуклеотидов противоположных цепей. *Эти связи образуются только в том случае, когда каждый нуклеотид в одной цепи, условно говоря, «перевернут» по отношению к парному ему нуклеотиду в другой. Такая ориентация нуклеотидов приводит к тому, что на каждом из концов двухцепочечной молекулы ДНК находится 5'-конец одной цепи и 3'-конец другой (рис. 7.3). Как вы уже знаете на примере строения молекул белков, подобная ориентация цепей называется антипараллельной.*

*Структура азотистых оснований и расположение в них атомов, способных образовывать водородные связи, таковы, что пуриновое основание может соединиться только с пиримидиновым.* Причем в составе двухцепочечной молекулы ДНК аденин может формировать водородные связи только с тимином, а гуанин — лишь с цитозином. В результате этого взаимодействия между аденином и тимином возникают две водородные связи, а между гуанином и цитозином — три (рис. 7.4). Таким образом, нуклеотиды, входящие в состав двух разных цепей ДНК, взаимно дополняют друг друга, образуя строгие пары: А—Т и Г—Ц.

Такое соответствие парных нуклеотидов называется комплементарностью. Поэтому говорят, что две цепи молекулы ДНК комплементарны друг другу, т. е. последовательность нуклеотидов в одной цепи строго определяет порядок их следования в другой. Например, если в одной цепи нуклеотиды располагаются следующим образом: 5'ГАЦАТЦ3', то во второй цепи их последовательность будет только такой: 3'ЦТГТАГ5'.

Для запоминания комплементарных нуклеотидов можно использовать мнемоническое правило «вАТт и ГерЦ» либо ассоциации. Например: «Агрессивный Тигр и Глупый Цыпленок» или «Апельсин на Тарелке, Цапля в Гнезде». Слово «пурГА» напоминает о том, что к пуриновым основаниям относятся гуанин (Г) и аденин (А). Следовательно, остальные азотистые основания являются пиримидиновыми.

Принцип комплементарного спаривания азотистых оснований определяет особую пространственную структуру молекулы ДНК. За счет образования водородных связей две полинуклеотидные цепи закручиваются относительно друг друга, формируя двойную спираль диаметром около 2 нм (рис. 7.5). *При этом диаметр спирали остается одинаковым на всем протяжении молекулы.* Один виток спирали имеет длину 3,4 нм и содержит 10 пар нуклеотидов. Следовательно, линейная длина одной нуклеотидной пары составляет 0,34 нм. Чередующиеся остатки дезоксирибозы и фосфорной кислоты образуют сахарофосфатный остов, расположенный на периферии молекулы ДНК, а азотистые основания находятся внутри спирали.

*При изменении условий (например, при повышении температуры) ДНК может подвергаться денатурации — так называемому плавлению. При этом водородные связи между азотистыми основаниями разрываются и комплементарные цепи отделяются друг от друга. Молекулы ДНК, в которых преобладают Г—Ц пары, характеризуются бóльшим содержанием водородных связей, чем молекулы с преобладанием А—Т пар, поэтому плавятся при более жестких условиях. Денатурация ДНК, как правило, носит обратимый характер.*

Нуклеотидный состав ДНК впервые количественно проанализировал американский биохимик Э. Чаргафф в 1950 г. Им были обнаружены закономерности соотношения нуклеотидов в двухцепочечной молекуле ДНК, впоследствии названные правилами Чаргаффа.

1. Количество адениловых нуклеотидов в молекуле ДНК равно количеству тимидиловых (А = Т), а количество гуаниловых — количеству цитидиловых (Г = Ц).

2. Число пуриновых азотистых оснований равно числу пиримидиновых (А + Г = Т + Ц).

3. Суммарное количество адениловых и цитидиловых нуклеотидов равно суммарному количеству тимидиловых и гуаниловых нуклеотидов (А + Ц = Т + Г).

*Первое правило Чаргаффа объясняется принципом спаривания комплементарных азотистых оснований: аденин образует пару с тимином, а гуанин — с цитозином. Второе и третье правила можно вывести из первого.

Обозначим А и Т как x, Г и Ц — как у. Тогда А = Т, Г = Ц запишется в виде x, y.

Очевидно, что y = y. Значит, А + Г = Т + Ц (второе правило), А + Ц = Т + Г (третье правило).

Вместе с тем в молекулах ДНК число Г—Ц пар, как правило, не равно числу А—Т пар. Нуклеотидный состав ДНК у организмов различных групп специфичен. Эту особенность отражает соотношение  — коэффициент специфичности ДНК. Если в молекулах ДНК преобладают А—Т пары, то коэффициент специфичности будет меньше 1, если Г—Ц пары — больше 1.

Установлено, что у животных и растений коэффициент специфичности ДНК меньше 1 и обычно составляет от 0,54 до 0,94 (так называемый АТ-тип ДНК). У микроорганизмов этот коэффициент варьирует в значительных пределах — от 0,4 до 2,8. Однако у большинства бактерий и вирусов он превышает 1 (ГЦ-тип ДНК). Известны также организмы, ДНК которых содержит почти одинаковое количество А—Т и Г—Ц пар. Например, коэффициент специфичности ДНК бактерии кишечной палочки примерно равен 1.*

В 1953 г. на основании правил Чаргаффа и результатов исследований молекул ДНК, полученных британским ученым М. Уилкинсом, американский биолог Дж. Уотсон и британский биофизик Ф. Крик предложили модель пространственной структуры молекулы ДНК. В 1962 г. за разработку этой модели, получившей название «двойная спираль», Дж. Уотсон, Ф. Крик и М. Уилкинс были удостоены Нобелевской премии.

*В клетках живых организмов ДНК содержится не в виде собственно двойной спирали, имеющей огромную длину и диаметр 2 нм, а в более компактном (конденсированном) состоянии. Молекулы ДНК, взаимодействуя с особыми белками, образуют нуклеопротеиновые структуры — хромосомы. В состав каждой из них входит чрезвычайно длинная молекула ДНК, особым образом упакованная.

В цитоплазме бактериальной клетки содержится, как правило, одна кольцевая хромосома. В клетках ядерных организмов (эукариот) хромосомы имеют линейный вид, т. е. они не замкнуты в кольцо, и их количество варьирует от 2 (у малярийного плазмодия) до нескольких тысяч, например в большом ядре некоторых видов инфузорий.

В соматических клетках человека находится по 46 хромосом. В самых мелких из них молекулы ДНК содержат примерно 50 млн пар нуклеотидов, в самых крупных — около 250 млн. В некомпактизированном состоянии длина этих молекул ДНК составляла бы от 1,7 до 8,5 см. Однако хромосомы человека, которые можно наблюдать с помощью светового микроскопа во время деления клетки (в этот период они достигают наиболее компактного состояния), имеют длину всего 1,5—11 мкм.

Упаковка молекулы ДНК в хромосому у всех эукариот происходит сходным образом, в несколько этапов. Ключевую роль в этом процессе играют белки гистоны. На каждом этапе укладки длина ДНК уменьшается в несколько раз. Общий итог конденсации ДНК — укорочение молекулы примерно в 10 000 раз.*

*У бактерий молекула ДНК, входящая в состав хромосомы, также подвергается компактизации. Однако укладка бактериальной ДНК осуществляется другим способом, не так, как у эукариот. Кроме того, в этом процессе участвуют не гистоны (они отсутствуют у прокариот), а другие белки.*